Библиотека доктора

3-я. Предсказание возможных путей метаболизма ХС может быть проведено на основании знания реакционной способности молекулы, которая связана с такими показателями, как энергии локализации, порядки связей, свободная валентность, заряды на атомах. Пример такого предсказания приведен в соответствующей главе. 4-я. Конструирование новых, еще не синтезированных структур, удачнее всего может быть проведено при наличии рядов ХС с известной…

Особенно важной представляется способность расчетных методов получать описание конформации ХС, включающее координаты всех атомов, в том числе и водородных, положение которых не дает рентгено-структурный анализ. Хорошее соответствие расчетных и экспериментальных (рентгеноструктурных) данных для конформации молекулы 5α-андростан-Зα, 17β-диола показано на рисунке ниже  (Шамовский и др.  1982в). Совмещенные оптимальные проекции расчетной и экспериментальной конформации молекулы 5α-андростан-3α, 17…

Квантовохимические расчеты позволяют представить молекулу в виде распределений электронной плотности у отдельных атомов, образующих структуру молекулы. Конформационные расчеты дают возможность определить координаты атомов в трехмерном пространстве. Оба типа расчетов в совокупности позволяют определить большой набор энергетических и структурных показателей. Расчеты методом квантовой и структурной химии позволяют получить параметры электронной структуры (энергии молекулярных орбит, энергия резонанса,…

Описание структурной формулы ХС формализованными языками позволяет классифицировать ХС подвидам активности методами подструктурного анализа и (или) определения коэфициента сходства. Оба метода основаны на поиске сходства тестируемого Метод подструктурного анализа использует весьма несовершенную классификацию информационного массива по активности, поскольку хорошей просто не существует из-за ограниченности наших знаний о механизме действия препаратов. Поэтому разумно классифицировать ХС обоими…

Формализованная запись структур ХС на каком-либо языке позволяет количественно оценивать их сходство как степень близости их кодовых записей. Для оценки сходства структур, записанных на языке ФКСП, В. В. Авидон и В. С. Аролович (1975) ввели понятие коэффициента сходства (К), который принимает значения от 0 до 1 в зависимости от отношения количества совпадающих дескрипторов к общему…

Выделение общих дескрипторов для множества ХС и определение их информативности позволяют решить задачу классификации нового ХС по виду активности. Методика такого прогнозирования с использованием языка ФКСП была разработана В. В. Авидоном и др. (1978а) на основе подструктурного анализа. Суть этой методики заключается в следующем. Если в химическом соединении содержится т фрагментов (дескрипторов) с известными статистическими…

Подструктурный анализ Формулировка задач Формализованное описание ХС и выделение отдельных структурных показателей (например, ДЦ) позволяет решать несколько типов задач. Первый тип задач — выделение фрагментов потенциальных фармакофоров: определение частоты встречаемости различных структурных показателей во множестве ХС, обладающих определенным видом активности. Второй тип задач — подструктурный анализ: отнесение тестируемых ХС к множеству ХС с известным видом…

Основными достоинствами ФКСП являются, во-первых, тот факт, что в его основе лежат естественнонаучные принципы выделения активных центров, во-вторых, линейная структура, в-третьих, сравнительная простота. Однако ФКСП не дает полной информации о взаимном расположении фрагментов. Поэтому был предложен новый способ кодирования (Avidon et al., 1982). Согласно этому способу структура соединения представлена в виде неориентированного графа, вершины которого…

Код структуры ХС — это описание структуры на языке, пригодном для ввода ее в ЭВМ, ее хранения в памяти ЭВМ и различных операций над структурой, производимых с помощью ЭВМ, Коды могут быть каноническими, если структура всегда записывается однозначным кодом без изоморфных форм, и соответственно неканоническими. Они могут быть полными (передающими структуру во всех подробностях) и…

К слабым взаимодействиям можно отнести электростатическое притяжение противоположно заряженных ионогенных групп, гидрофобные взаимодействия, при которых ван-дер-ваальсовы и водородные связи реализуются с учетом реальных возможностей размещения неполярных молекул в структуре воды (Волькенштейн, 1975). К комплексным слабым взаимодействиям, в которых участвуют электростатическое притяжение, ван-дер-ваальсовы и водородные силы, можно отнести взаимодействия, возникающие при частичном переносе электрона от молекулы…

Циклические дескрипторы несут информацию о наличии в структуре ХС моно-, би- и трициклических систем с указанием их геометрической формы, количества π-электронов в системе циклического сопряжения, а также характера и расположения гетероатомов. Для построения линейных дескрипторов в структуре ХС выделяются дескрипторные центры, которыми являются все гетероатомы (N, О, S, Р, галлоиды, металлы и т. п.), пары…

Структурно-информационный анализ Элементный состав ХС и расположение его атомов и связей между ними в пространстве полностью определяют физические и химические свойства ХС, а также его способность воздействовать на биологический объект (биологическую активность)1. Состав и трехмерная структура реальной молекулы могут быть отражены в модели этой структуры, в проекциях ее на плоскость, в записях пространственных координат соответствующих…