3 октября 2012

Выбор тест-объектов и их характеристик

Принцип представительности базы и надстройки

Основные свойства пространства БАХС, цели, ради которых следует изучать это пространство, принципы классификации видов и, наконец, общие черты структуры системы классификации позволяют сформулировать правила выбора тест-объектов и их характеристик. Рассмотрим этот вопрос подробнее для базы, надстройки, механизменных моделей и расчетных методов.

Вначале мы проанализируем идеальный вариант, отвлекаясь от технических аспектов. В последующем изложении рассмотрим технологические требования и ограничения, а также возможности развития классификационной системы по реальной технологии.

Напомним, что база должна пропускать весь массив ХС (порядка 5 — 10Х104 веществ в год), выдавая для каждого из них единообразный набор характеристик — основной «биологический паспорт» ХС.

Эти характеристики должны в совокупности описать на избранном уровне деятельности действие вещества на клетку с учетом основных таксономических ее вариаций. Именно при выполнении этих условий можно говорить о том, что в базу «заложены модели» клетки и биосферы, пусть в самом огрубленном виде.

Описание биологической активности ведется на языке ОВБА, что, по существу, однозначно задает те характеристики, которые следует определять при действии ХС на клетку. Ранее в этой части отмечалось, что биологическая активность вещества зависит от способа введения ХС в объект и наличия дополнительных воздействий. Для учета этих принципиальных особенностей необходимо определять зависимости основных характеристик ХС от концентрации С и времени его воздействия t1.

Желательно также ввести в систему дополнительные стандартные воздействия. Таким образом, можно дать перечень определяемых в базе системы классификации φni (С, t) функций в следующем виде: индекс n пробегает значения от 1 до 27 в соответствии с номенклатурой ОВБА, изложенной выше.

Смотрите — Общая характеристика системы классификации

1Такое представление зависимости некоторой характеристики тест-объекта от дозы и времени действия ХС мы будем называть φni (С, t) функцией.

Для точного обозначения ср могут быть введены индексы, соответствующие номеру тест-объекта и номеру измеряемой характеристики. Например, символы φni (С, t) обозначают, что для клеток 1-го типа (например, простейших) определяется кинетика концентрационного влияния ХС на определенную реакцию n-типа (например, адаптационную).


«Биологически активные вещества»,
Г.М.Баренбойм, А.Г.Маленков



Общие соображения Основным языком всей системы является язык ОВБА. Это язык представительных наборов моделей клетки, организма человека и биосферы. При построении модели человека использовано гистогенетическое его представление. В надстройку системы классификации введены дополнительные тест-объекты, более детально представляющие разновидности ткани организма. Эти тест-объекты являются элементами представительной модели организма, поэтому ответы, которые они дают, непременно выражаются на…

Несмотря на общность клеточного строения и основных биохимических процессов в мире живого, реальные цитологические, биохимические и молекулярные развития между представителями различных типов, классов, отрядов, семейств, родов и видов столь значительны, что избирательность действия химических соединений, как правило, очень велика. Существует множество примеров такого избирательного действия: так, молекулы фосфорорганических инсектицидов в организме насекомого превращаются в другое,…

Каковы же принципы создания и совершенствования переводов с языка ОВБА на названные языки? Напомним, что при выборе системы тест-объектов, характеристик и дополнительных методов предсказания биологической активности были использованы принцип представительности набора тест-объектов и характеристик и принцип эпиморфизма. Первый из этих принципов является общеметодологическим и не дает непосредственных возможностей создать тот или иной алгоритм перевода. Он…

Эвристический анализ является мощным способом разработки алгоритма и в отношении «старых» видов биологической активности, и в отношении новых, для которых еще не найдены хорошие вещества, но особенно он ценен, конечно, в отношении именно новых видов активности. Пока нет, например, веществ, обладающих хорошей противовирусной активностью. Можно ожидать ее от веществ, обладающих выраженной тропностью к двухтяжевым РНК,…

Очевидно, что исходная совокупность свойств, которые должны эпиморфно проектироваться среди все усложняющихся объектов, определяется заранее экспериментатором в зависимости от поставленной задачи. По этой совокупности далее и формируются графы моделей. По принципу отбора этих свойств формируемые графы могут быть разделены на три группы. Первая группа основана на эпиморфной проекции общебиологических свойств (рост, деление, дыхание, движение и…