10 января 2013

Ограничения метода Ханча

Ограничения метода, трудности, которые встречаются на практике при получении корреляционных уравнений, детально проанализированы М. А. Ландау (1981).

В этой монографии, в частности, автор приводит ряд соображений и конкретных данных, которые помогают выбрать из полученных уравнений наилучшее, упростить задачу получения такого уравнения, так как при большом числе параметров перебрать все возможные варианты практически невозможно, и, наконец, как определить пригодность полученного уравнения для предсказания активности новых соединений.

При использовании обсуждаемого метода в автоматизированной системе классификации наиболее сложная проблема — отнесение тестируемого ХС к определенному ряду. В самом деле, методология Ханча хорошо работает в узких рядах гомологичных соединений. Для каждого такого ряда существует или может быть создано соответствующее уравнение структура — активность.

Но как отнести новое тестируемое соединение к определенному ряду? Для этого должны быть разработаны алгоритмы определения такой принадлежности применительно к классификации ХС по рядам, которая позволяет формировать соответствующие уравнения внутри этих рядов. Для отнесения ХС к общей формуле ряда, для которого есть корреляционное уравнение,  может быть разработан алгоритм на основе упомянутого выше коэффициента сходства.

Все методы, использующие показатели, определяемые структурой и названные в этой главе, взаимосвязаны и по своей естественной сути и по цели, связанной с классификацией ХС. Эта связь изображена на рисунке ниже.

Смотрите рисунок и описание к нему — Взаимосвязь некоторых расчетных и экспериментальных методов

БА — биологическая активность; ФКСП — фрагментарный код суперпозиции подструктур химического соединения; ПК — параметры конформации; ЭС — электронная структура. Объяснение в тексте.

В связи с этой схемой следует отметить еще раз, что показатели, характеризующие стерические, электронные и гидрофобные свойства молекулы, могут быть в большинстве случаев получены как расчетными, так и экспериментальными методами.

Во многих случаях можно использовать табличные величины для различных заместителей, следует только иметь в виду, что различный состав соединения, конформация ХС вообще и биологически активная конформация в частности, среда, в которой находится молекула и т. п., могут коренным образом повлиять на стерические и электронные свойства заместителей, что приведет к сильному отличию фактических величин этих характеристик от табличных.

Поэтому выбор типа подобных характеристик и их значений оказывается своего рода искусством, в методах которого так много от интуиции человека-творца.


«Биологически активные вещества»,
Г.М.Баренбойм, А.Г.Маленков



Все тестируемые ХС проходят регистрацию и определение степени новизны, а также прогностическое установление типа потенциальной биологической (фармакологической) активности расчетными методами структурно-информационного анализа. На этом основании для веществ с невысокими значениями Q, L и М определяется та выборка тестов, через которую они должны пройти. В ряде случаев эта выборка определяется по формализованным правилам, в большинстве случаев…

В итоговом документе («Биологический паспорт»), который формируется по итогам классификации данного ХС в автоматизированной системе, излагаются цели испытаний, а также следующие сведения о тестированном ХС: исходная информация о ХС (структурная и брутто-формула, физико-химические характеристики, организация-производитель, исходное назначение); номер регистрации; степень подлинности (соответствие структур, чистота); результаты испытаний с использованием расчетных методов; оценка биологической активности и токсичных…

Можно представить схему, изображенную на рисунке ниже, в более сжатой конспективной форме, развернув все события вдоль оси времени. Смотрите рисунок — Генеральная конфигурация системы классификации ХС Такая линейная развертка событий представлена на рисунке ниже, а комментарий к ней содержится в таблице, которую можно рассматривать как расширенную подпись к этому рисунку. Смотрите рисунок — Последовательность основных…

Вся работа системы проводится в интерактивном режиме: специфика работы с биологическим тест-объектом такова, что весьма высока вероятность его отклонения от стандарта в процессе подготовки эксперимента, резкого изменения его состояния или даже гибели в процессе эксперимента и т. д. Возможны ситуации, когда результаты тестирования ХС по одной методике могут привести к изменению всего порядка последующих испытаний…

Карта информационной биотехнологии и технических средств (часть 6)

Блок 9. классификация ХС по ихспособности сенсибилизировать биологические объекты к действию Функциональное назначение Определить изменение чувствительности биологических объектов при действии на них ХС по отношению к стандартному физическому фактору (нагревание, световое облучение и другие факторы в зависимости от задачи). Знание таких характеристик позволяет: 1) прогнозировать результат комбинированного действия ХС и физфактора; 2) выявить действие ХС,…