К слабым взаимодействиям можно отнести электростатическое притяжение противоположно заряженных ионогенных групп, гидрофобные взаимодействия, при которых ван-дер-ваальсовы и водородные связи реализуются с учетом реальных возможностей размещения неполярных молекул в структуре воды (Волькенштейн, 1975).
К комплексным слабым взаимодействиям, в которых участвуют электростатическое притяжение, ван-дер-ваальсовы и водородные силы, можно отнести взаимодействия, возникающие при частичном переносе электрона от молекулы донора к акцептору с образованием так называемого комплекса с переносом заряда (Пюльман Б., Пюльман А., 1965).
Очевидно, что в молекуле ХС можно выделить те атомы или группировки, для которых наиболее характерны названные типы взаимодействий, считая, что по крайней мере некоторые из этих атомов и группировок войдут в фармакофор.
По-видимому, для некоторых потенциальных лекарств и токсических веществ (особенно ингибиторов различных процессов) могут оказаться очень важными и ковалентные взаимодействия, так, например, некоторые антибиотики и мутагены связываются с ДНК ковалентно. В то же время можно полагать, что для большинства препаратов регуляторного типа действия (гормоны, сердечные гликозиды и т. п.) именно слабые взаимодействия играют ключевую роль.
Во всяком случае такой подход позволяет, кодируя молекулы фрагментарным кодом, с высокой вероятностью описать активный центр молекулы. И наоборот, выделив статистически из множества молекул одного вида активности общий фрагмент, можно попытаться определить некоторые характеристики его рецептора. При этом один и тот же атом или одна и та же группировка могут быть различными дескрипторными центрами в зависимости от валентности и связанных с ними атомов микроокружения.
Так, атом кислорода, связанный двойной связью (=O), отличается по поведению от атома кислорода, который связан двумя одинарными связями; в свою очередь группа — ОН заметно отличается от группы — OR (эфирный кислород).
В целом выбор дескрипторных центров с такими отличиями достаточно разнообразен. Эти общие методологические подходы можно реализовать в различных формах языка. Предложенный В. В. Авидоном фрагментарный код суперпозиции подструктур (язык ФКСП) описывает структуры ХС по следующим основным правилам.
Структура ХС разбивается на фрагменты не однократно, а многократно, с суперпозицией отдельных фрагментов.
Это значит, что отдельные фрагменты могут пересекаться или частично перекрываться. При этом дескрипторы языка разбиты на две группы: циклические и линейные.
«Биологически активные вещества»,
Г.М.Баренбойм, А.Г.Маленков