Фиксация особенного значения не имеет, срезы можно приготовить на замораживающем микротоме, а также после заливки в парафин. Перед окрашиванием их помещают в изотонический раствор хлорида натрия на 3 ч при температуре 37 °С, затем переносят в 0,5% раствор толуидинового синего на 18 ч.
После этого срезы быстро промывают в трижды сменяемой дистиллированной воде, высушивают фильтровальной бумагой, ополаскивают в 96% этиловом спирте и в смеси равных частей абсолютного спирта и ксилола, просветляют в ксилоле и заключают в канадский бальзам.
Для идентификации гликозаминогликанов необходимо произвести обработку контрольных срезов гиалуронидазой, как указано выше.
Результаты методов окраски следующие
| Метод окраски | Что выявляется | Результат |
| Гематоксилином и эозином | Клеточные элементы и волокнистые структуры | Ядра — фиолетовые; коллагеновые волокна, мышцы, нервы — ярко-красные |
| Ван-Гизона | Коллагеновые волокна | Коллагеновые волокна — малиновые; ядра, мышцы, нервы, эпителиальные клетки — ярко-желтые |
| Суданом оранжевым | Нейтральные жиры | Нейтральный жир — оранжевый |
| Реакция Перльса | Гемосидерин | Гемосидерин внутри- и внеклеточный — сине-зеленый |
| Реакция Косса | Отложение солей кальция | Соли кальция — черные |
| Конго красным | Амилоид | Отложение амилоида — ярко-красные, в поляризационном микроскопе — зеленые |
| Фута | Аргирофильный белок | Аргирофильный белок и аргирофильные волокна — черные |
| ШИК-реакция (метод Мак-Маиуса) | Гликоген, нейтральные МПС, грибы | Гликоген (диастазолабильпый) — темно-малиновый; нейтральные МПС (диастазорезистентные) — малиновые, грибы — ярко-малиновые |
| Толуидиновым синим | Гликозаминогликаны | Гликозаминогликаны — сиренево-розовые; остальные структуры — голубые |
| Романовского — Гимзы | Тканевые базофилы, гликозаминогликаны, эозинофильные гранулоциты, лейшмании | Гранулы тканевых базофилов — метахроматично пурпурные; эозинофильные гранулоциты и лейшмании — красные |
| Браше | Рибонуклеонротеиды | Рибонуклеиновая кислота — красного цвета |
| Шуенинова | Фибрин | Отложения фибрина — темно-синие |
| Грам — Вейгерта | Грибы | Грибы — темно-фиолетовые |
| Цпль — Нильсена | Кислотоустойчивые микобактерии | Микобактерии лепры, туберкулеза — красные |
«Патоморфологическая диагностика заболеваний кожи»,
Г.М.Цветкова, В.К.Мордовцев