С помощью рестриктазы Нае III установлено, что в геноме SV40 имеется участок длиной около 140 нуклеотидов, вариации в котором и вызывают основные изменения в свойствах вирусных частиц (Newbold, 1976).
Пока этот фрагмент еще точно не локализован, по-видимому, он ассоциирован с участком, кодирующим поздние функции. Не получено прямых доказательств в пользу транскрипции этой части генома, однако анализ тотальной популяции поздней вирусной РНК свидетельствует о том, что этот вариабельный фрагмент только транскрибируется и в дальнейшем не транслируется, т. е. является спейсером.
Возможно, что транскрипт этого участка удастся выявить среди поздних 19S РНК, то не среди поздних 16S РНК-транскриптов. Выделен 316-членный фрагмент ДНК SV40, содержащий точку начала репликации вирусной ДНК и ДНК, комплементарную к 5´-концам некоторых ранних и поздних цитоплазматических РНК (Subramanian et al., 1977).
Этот сегмент, полученный после гидролиза рестриктазой Е. coli RII (G), расщепляли рестриктазами Нае III, Hind III, Alu I и Hinf I и картировали субфрагменты. Кроме того, эти субфрагменты использовали как матрицы для синтеза РНКовых копий полимеразой из Е. coli и определяли их последовательности.
Сопоставление полученных данных показало, что ранние и поздние мРНК SV40 считываются в противоположных направлениях с разных цепей ДНК таким образом, что их 5´-концевые участки перекрываются, будучи комплементарными друг другу.
Участок перекрывания имеет длину 60 — 100 нуклеотидов и включает область ДНК, содержащую точку начала репликации.
Установлено, что все пять участков инициации транскрипции in vitro локализуются на минус-нити ДНК SV40 прямо или вблизи от областей генома, расщепляющихся нуклеазой SI и денатурирующихся в условиях мягкой обработки (Lebowitz et al., 1977).
Это свидетельствует о том, что участки инициации располагаются в областях, находящихся или в расплетенном состоянии, или легко расплетающихся под влиянием различных воздействий. Такие данные согласуются с ожидаемой структурой промоторов.
Кроме пяти участков инициации, в которых 5´-концевым нуклеотидом является АТФ, обнаружены три участка, имеющих на 5´-конце только ГТФ в качестве инициирующего нуклеотида. Оказалось, что 5´-концевые инициирующие фрагменты разделяются на четыре класса и имеют длину 6 — 9 нуклеотидов (AI, АII, AIIIa, AIIIb).
Один участок инициации локализуется на фрагменте Hin G близко к соединению Hin — G — В и дает фрагмент АII; два перекрывающихся фрагмента Hin — А — Нае — А содержат участки, комплементарные фрагментам AI и АIII, и два рестриктазных фрагмента Hin — А — Нае — Е в транскрипции образуют фрагменты AI И АIII.
«Механизмы вирусного онкогенеза»,
А.И.Агеенко