1 октября 2012

Термины описания классификации видов элементарной биологической активности

Однако классификация видов элементарной биологической активности, опирающаяся на «доклеточные» уровни организации живого, не описывается в единых терминах с классификацией, основанной на ОВБА.

Такая классификация является дополнительной, не образующей единого дерева с системой ОВБА. Это обстоятельство должно найти адекватное отражение в структуре системы классификации: методы, дающие информацию о таких видах, являются дополнительными по отношению к основной части системы, «говорящей» на языке ОВБА.

Перевод с механизменного языка на язык ОВБА осуществляется и по гипотезам и статистическими методами (коррелятивно).

Классификация в такой двумерной системе позволит образовывать из видов биологической активности иерархическую систему, граф которой представляет «дерево». В таком случае предварительное предсказание, полученное с использованием сравнительно небольшого объема информации, будет в дальнейшем уточняться; при этом сама закономерность ветвления должна указывать те эксперименты, которые следует провести для уточнения вида активности.

Рассмотрение такого «дерева» в самой общей форме позволяет сделать следующие полезные для дальнейшего изложения наблюдения:

  1. одно ХС может обладать несколькими интегральными и элементарными видами активности;
  2. интегральная активность неаддитивно складывается из совокупности определенных элементарных активностей;
  3. одна и та же интегральная биологическая активность может быть представлена различными совокупностями активностей элементарных (это утверждение равносильно тому, что один и тот же интегральный эффект действия ХС может быть обусловлен различными механизмами действия ХС).

Попытаемся выявить систему тест-объектов и регистрируемых параметров для базы и надстройки системы классификации, работающей на языке ОВБА. Очевидно, что модели клетки и биосферы должны быть взяты за основу при проектировании базы, клетки человека и организма человека — при проектировании надстройки.

Моделируемые объекты (клетка, организм, биосфера) предстают в классификационной системе в виде представительных наборов тест-объектов, обладающих основными элементарными функциями, присущими моделируемым объектам. Выборки тест-объектов и их расположение в системе должны отражать реальную иерархию элементов природного объекта, иерархию, обусловленную его развитием. Поэтому для организма детализацию видов биологической активности следует строить по тканевой тропности действий, опираясь на гистогенетическую классификацию типов тканей, отражающую ход онтогенеза. Представление биосферы в системе классификации должно основываться на таксономической классификации организмов, отражающей процесс эволюции.

На основании выявления общих черт массива ХС и характеристик пространства БАХС можно сформулировать общие требования к системе классификации.

  1. Мощность испытательной системы должна быть порядка n*104 веществ в год, где 1<n<10. Такое количество соответствует числу новых соединений, синтезируемых в СССР ежегодно, т. е. система будет реально обеспечена веществами. С другой стороны, это позволит качественно изменить соотношение областей знания и незнания в пространстве БАХС на протяжении нескольких лет.
  2. Целесообразно определить возможно большее число видов активности, причем некоторый минимум основных (порядка нескольких десятков) видов должен определяться для каждого вещества. Это необходимо для достижения качественного скачка в возможностях прогноза биологической активности вещества по структуре.
  3. Для реализации второго требования «собственно классификационная система», «говорящая» на языке, основанном на ОВБА и состоящая из базы (модель клетки и биосферы) и надстройки (модель организма человека), должна быть дополнена мощной подсистемой внеэкспериментального скрининга (по структуре и физико-химическим свойствам вещества) и подсистемой механизменных моделей.


«Биологически активные вещества»,
Г.М.Баренбойм, А.Г.Маленков



Общие соображения Основным языком всей системы является язык ОВБА. Это язык представительных наборов моделей клетки, организма человека и биосферы. При построении модели человека использовано гистогенетическое его представление. В надстройку системы классификации введены дополнительные тест-объекты, более детально представляющие разновидности ткани организма. Эти тест-объекты являются элементами представительной модели организма, поэтому ответы, которые они дают, непременно выражаются на…

Несмотря на общность клеточного строения и основных биохимических процессов в мире живого, реальные цитологические, биохимические и молекулярные развития между представителями различных типов, классов, отрядов, семейств, родов и видов столь значительны, что избирательность действия химических соединений, как правило, очень велика. Существует множество примеров такого избирательного действия: так, молекулы фосфорорганических инсектицидов в организме насекомого превращаются в другое,…

Каковы же принципы создания и совершенствования переводов с языка ОВБА на названные языки? Напомним, что при выборе системы тест-объектов, характеристик и дополнительных методов предсказания биологической активности были использованы принцип представительности набора тест-объектов и характеристик и принцип эпиморфизма. Первый из этих принципов является общеметодологическим и не дает непосредственных возможностей создать тот или иной алгоритм перевода. Он…

Эвристический анализ является мощным способом разработки алгоритма и в отношении «старых» видов биологической активности, и в отношении новых, для которых еще не найдены хорошие вещества, но особенно он ценен, конечно, в отношении именно новых видов активности. Пока нет, например, веществ, обладающих хорошей противовирусной активностью. Можно ожидать ее от веществ, обладающих выраженной тропностью к двухтяжевым РНК,…

Очевидно, что исходная совокупность свойств, которые должны эпиморфно проектироваться среди все усложняющихся объектов, определяется заранее экспериментатором в зависимости от поставленной задачи. По этой совокупности далее и формируются графы моделей. По принципу отбора этих свойств формируемые графы могут быть разделены на три группы. Первая группа основана на эпиморфной проекции общебиологических свойств (рост, деление, дыхание, движение и…