2 ноября 2012

Слабые взаимодействия

К слабым взаимодействиям можно отнести электростатическое притяжение противоположно заряженных ионогенных групп, гидрофобные взаимодействия, при которых ван-дер-ваальсовы и водородные связи реализуются с учетом реальных возможностей размещения неполярных молекул в структуре воды (Волькенштейн, 1975).

К комплексным слабым взаимодействиям, в которых участвуют электростатическое притяжение, ван-дер-ваальсовы и водородные силы, можно отнести взаимодействия, возникающие при частичном переносе электрона от молекулы донора к акцептору с образованием так называемого комплекса с переносом заряда (Пюльман Б., Пюльман А., 1965).

Очевидно, что в молекуле ХС можно выделить те атомы или группировки, для которых наиболее характерны названные типы взаимодействий, считая, что по крайней мере некоторые из этих атомов и группировок войдут в фармакофор.

По-видимому, для некоторых потенциальных лекарств и токсических веществ (особенно ингибиторов различных процессов) могут оказаться очень важными и ковалентные взаимодействия, так, например, некоторые антибиотики и мутагены связываются с ДНК ковалентно. В то же время можно полагать, что для большинства препаратов регуляторного типа действия (гормоны, сердечные гликозиды и т. п.) именно слабые взаимодействия играют ключевую роль.

Во всяком случае такой подход позволяет, кодируя молекулы фрагментарным кодом, с высокой вероятностью описать активный центр молекулы. И наоборот, выделив статистически из множества молекул одного вида активности общий фрагмент, можно попытаться определить некоторые характеристики его рецептора. При этом один и тот же атом или одна и та же группировка могут быть различными дескрипторными центрами в зависимости от валентности и связанных с ними атомов микроокружения.

Так, атом кислорода, связанный двойной связью (=O), отличается по поведению от атома кислорода, который связан двумя одинарными связями; в свою очередь группа — ОН заметно отличается от группы — OR (эфирный кислород).

В целом выбор дескрипторных центров с такими отличиями достаточно разнообразен. Эти общие методологические подходы можно реализовать в различных формах языка. Предложенный В. В. Авидоном фрагментарный код суперпозиции подструктур (язык ФКСП) описывает структуры ХС по следующим основным правилам.

Структура ХС разбивается на фрагменты не однократно, а многократно, с суперпозицией отдельных фрагментов.

Это значит, что отдельные фрагменты могут пересекаться или частично перекрываться. При этом дескрипторы языка разбиты на две группы: циклические и линейные.


«Биологически активные вещества»,
Г.М.Баренбойм, А.Г.Маленков



Все тестируемые ХС проходят регистрацию и определение степени новизны, а также прогностическое установление типа потенциальной биологической (фармакологической) активности расчетными методами структурно-информационного анализа. На этом основании для веществ с невысокими значениями Q, L и М определяется та выборка тестов, через которую они должны пройти. В ряде случаев эта выборка определяется по формализованным правилам, в большинстве случаев…

В итоговом документе («Биологический паспорт»), который формируется по итогам классификации данного ХС в автоматизированной системе, излагаются цели испытаний, а также следующие сведения о тестированном ХС: исходная информация о ХС (структурная и брутто-формула, физико-химические характеристики, организация-производитель, исходное назначение); номер регистрации; степень подлинности (соответствие структур, чистота); результаты испытаний с использованием расчетных методов; оценка биологической активности и токсичных…

Можно представить схему, изображенную на рисунке ниже, в более сжатой конспективной форме, развернув все события вдоль оси времени. Смотрите рисунок — Генеральная конфигурация системы классификации ХС Такая линейная развертка событий представлена на рисунке ниже, а комментарий к ней содержится в таблице, которую можно рассматривать как расширенную подпись к этому рисунку. Смотрите рисунок — Последовательность основных…

Вся работа системы проводится в интерактивном режиме: специфика работы с биологическим тест-объектом такова, что весьма высока вероятность его отклонения от стандарта в процессе подготовки эксперимента, резкого изменения его состояния или даже гибели в процессе эксперимента и т. д. Возможны ситуации, когда результаты тестирования ХС по одной методике могут привести к изменению всего порядка последующих испытаний…

Карта информационной биотехнологии и технических средств (часть 6)

Блок 9. классификация ХС по ихспособности сенсибилизировать биологические объекты к действию Функциональное назначение Определить изменение чувствительности биологических объектов при действии на них ХС по отношению к стандартному физическому фактору (нагревание, световое облучение и другие факторы в зависимости от задачи). Знание таких характеристик позволяет: 1) прогнозировать результат комбинированного действия ХС и физфактора; 2) выявить действие ХС,…