31 октября 2012

Фасет В и С

Фасет В содержит 330 дескрипторов, описывающих фармакологическую (фактически биологическую) активность ХС на молекулярном уровне взаимодействия с ферментами или с такими биорегуляторами, как гормоны, витамины и т. д.

Фасет С отражает данные о тропности действия ХС и содержит 184 дескриптора (для всех дескрипторов фасета С предполагается, что они в списке как бы стоят в конце фразы: «ХС, действующие на…»):

Антиметаболиты В.З
Антиметаболиты обмена аминокислотного В.З. 1
Антихолинергические В.4
Антихолинергические конкурентные В.4.1
Геминоподобные В.4.1.1
Холинолитики В.4.1.2
Холинолитики М В.4.1.2.1
Тиаминов антагонисты В.5
Гормонов антагонисты В.8
Интерфероногены В.11
Комплексообразующие В. 12
Коферменты В. 13
Трансфераз ингибиторы В.13.6
Стрихниноподобные (по действию) В.26
Окончания нервов афферентных С.1
Окончания нервов афферентных кожи С. 1.1
Вирион С.З
Оболочка вириона С.З.1
Гладкая мускулатура С.5
Гладкая мускулатура артерий С.5.1
Гладкая мускулатура артерий внутренних органов С.7.11
Грибки С.7
Гифы С.7.1
Клеточная оболочка грибков С.7.2
Железы эндокринные С.9
Железы половые С.9.5
Яичники С.9.5.2
Фолликулы С.9.5.2.1
Мозг головной С.24
Кора больших полушарий С.24.1

Большая часть дескрипторов относится к модели организма, но некоторые из них — к модели клетки и биосферы. В общем случае активность соединения записывается фасетной формулой, т. е. тремя дескрипторами — по одному из каждого фасета; при этом в рамках одной фасетной формулы дескрипторы фасетов В и С уточняют и конкретизируют информацию, выраженную дескриптором фасета А. Это положение иллюстрируется рисунке ниже на примере лекарства ипразида.


Фасетное описание ипразида

Фасетное описание ипразида


Общие количественные характеристики тезауруса представлены в таблице ниже.

Количественные характеристики тезауруса по фармакологическому действию химических соединений

Показатель Обозначение Численное значение Характеристика
1 2 3 4
Общее число терминов V 1916 Число слов и словосочета­ний, переводимых на ИПЯ
Общее число дескрипторов di 712 Число слов и словосочетаний, используемых для индексирования
в фасете А («эффект») dAi 218
в фасете В («механизм») dBi 308
в фасете С («анатомическое место действия») dCi 186
Число недескрипторов M1 = V — di 1204 Число терминов, всегда за­меняемых на дескрипторы
Коэффициент синонимии γ = M1/V 0,69 Развитость входного словаря тезауруса и его способность к распознаванию синонимов
Число дескрипторов без связей M2 118 Число дескрипторов I уровня, не имеющих видовых дескрипторов
фасет А 77
фасет В 12
фасет С 29
Число дескрипторов родоначальных M3 53 Число дескрипторов I уровня, имеющих видовые дескрипторы
фасет А 16
фасет В 16
фасет С 21
Число дескрипторов видовых M4-6 541
фасет А 125
фасет В 280
фасет С 136
Коэффициент иерархии J=М2+M3+M4-62+M3 4,16 Степень разветвленности иерархии тезауруса
фасет А 2,30
фасет В 11,00
фасет С 3,70

Язык дескрипторов отражает сегодняшний уровень знаний. Главным ограничением для включения новых или более детальных дескрипторов в каждый из фасетов является отсутствие известных веществ с соответствующим видом биологической активности. Языки фасетов А, В, С открытые, они должны и могут развиваться по мере накопления знаний о фармакологической активности, механизме действия, тропности.

В настоящее время структурно-информационный анализ не классифицирует ХС в терминах языка ОВБА. Причина этого — явная недостаточность систематических знаний о влиянии лекарственных веществ на клеточно-тканевом уровне.

Этот пробел может быть естественно устранен при работе автоматизированной системы классификации ХС или ее достаточно производительного макета в режиме обратного скрининга.

Выполнение этой работы (объем ее около 7 — 10 тыс. ХС) позволит использовать структурно-информационный анализ для классификации ХС на языке ОВБА, поможет систематизировать результаты экспериментальных испытаний для определения вида биологической активности и выявить корреляции между биологическим и фармакологическим видами активности с указанием тканевой и (или) видовой тропности.

«Биологически активные вещества»,
Г.М.Баренбойм, А.Г.Маленков



Все тестируемые ХС проходят регистрацию и определение степени новизны, а также прогностическое установление типа потенциальной биологической (фармакологической) активности расчетными методами структурно-информационного анализа. На этом основании для веществ с невысокими значениями Q, L и М определяется та выборка тестов, через которую они должны пройти. В ряде случаев эта выборка определяется по формализованным правилам, в большинстве случаев…

В итоговом документе («Биологический паспорт»), который формируется по итогам классификации данного ХС в автоматизированной системе, излагаются цели испытаний, а также следующие сведения о тестированном ХС: исходная информация о ХС (структурная и брутто-формула, физико-химические характеристики, организация-производитель, исходное назначение); номер регистрации; степень подлинности (соответствие структур, чистота); результаты испытаний с использованием расчетных методов; оценка биологической активности и токсичных…

Можно представить схему, изображенную на рисунке ниже, в более сжатой конспективной форме, развернув все события вдоль оси времени. Смотрите рисунок — Генеральная конфигурация системы классификации ХС Такая линейная развертка событий представлена на рисунке ниже, а комментарий к ней содержится в таблице, которую можно рассматривать как расширенную подпись к этому рисунку. Смотрите рисунок — Последовательность основных…

Вся работа системы проводится в интерактивном режиме: специфика работы с биологическим тест-объектом такова, что весьма высока вероятность его отклонения от стандарта в процессе подготовки эксперимента, резкого изменения его состояния или даже гибели в процессе эксперимента и т. д. Возможны ситуации, когда результаты тестирования ХС по одной методике могут привести к изменению всего порядка последующих испытаний…

Карта информационной биотехнологии и технических средств (часть 6)

Блок 9. классификация ХС по ихспособности сенсибилизировать биологические объекты к действию Функциональное назначение Определить изменение чувствительности биологических объектов при действии на них ХС по отношению к стандартному физическому фактору (нагревание, световое облучение и другие факторы в зависимости от задачи). Знание таких характеристик позволяет: 1) прогнозировать результат комбинированного действия ХС и физфактора; 2) выявить действие ХС,…